Die Kooperation mit Fraunhofer ist frei gestaltbar. Die Institute richten sich grundsätzlich nach dem spezifischen Bedarf des Kunden. Häufig beginnt eine erfolgreiche Zusammenarbeit mit einem Einstiegsprojekt. Wer ein kleines Projekt zu bearbeiten hat, wird dabei von den Fraunhofer-Mitarbeitern genauso professionell mit Forschungs- und Entwicklungsleistung versorgt wie der Auftraggeber eines Großprojekts.
Dabei ist die erste Beratungsphase in der Regel kostenlos. Erst wenn der Umfang der Kooperation definiert ist und die entsprechenden Vereinbarungen getroffen wurden, stellt Fraunhofer seine Forschungs- und Entwicklungsarbeit (FuE) in Rechnung.
Der Auftraggeber erhält das Eigentum an Produkten, Prototypen und sonstigen materiellen Gegenständen, die in seinem Auftrag entwickelt wurden. Darüber hinaus bekommt er die notwendigen Nutzungsrechte an den von Fraunhofer dabei geschaffenen Erfindungen, Schutzrechten und entstehendem Know-how. Diese Rechte / Lizenzen stehen dem Auftraggeber nichtausschließlich oder ausschließlich für den seinem Auftrag zugrunde liegenden Anwendungszweck zur Verfügung.
Durch die exklusive, anwendungsbezogene Nutzungsberechtigung erfährt der Kunde optimalen Konkurrenzschutz. Außerhalb des »Kundenbereichs« erhält sich Fraunhofer die Möglichkeit zur Weiterentwicklung und anderweitigen Nutzung des eigenen Know-hows, der Erfindungen und Schutzrechte. Dadurch profitiert jeder Kunde auch von dem umfangreichen technologischen Background, der von Fraunhofer in die Kooperation eingebracht wird.
Daten und Wissen des beauftragenden Unternehmens werden stets streng vertraulich behandelt. Fraunhofer arbeitet grundsätzlich gemäß dem Need-to-know-Prinzip: Nur die Fraunhofer-Mitarbeiter erhalten Kenntnis von kundenvertraulichen Informationen, die sie zur Durchführung des konkreten Projekts benötigen. Bei Bedarf werden zur Wahrung der Vertraulichkeit separate Räumlichkeiten oder abgetrennte Laborbereiche eingerichtet. In manchen Fällen kooperieren Wettbewerber einer Branche ganz bewusst mit Fraunhofer, da hier ein unabhängiges, vorwettbewerbliches Umfeld entsteht, in dem Synergien genutzt werden können.
Fraunhofer verwendet den Namen des Auftraggebers für eigene PR-Arbeit nur dann, wenn dieser ausdrücklich damit einverstanden ist. Ansonsten wird über das Projekt ggf. nur so berichtet, dass der Auftraggeber selbst nicht erkennbar wird.